- 1988-2003: Tiền thân của Tổng công ty Rau quả, nông sản ngày nay là Tổng công ty Rau quả Việt Nam được thành lập theo Quyết định số 63NNTCCB/QĐ ngày 11/2/1988 với vai trò là đầu mối tổ chức nghiên cứu, tham gia xây dựng quy hoạch, kế hoạch phát triển hệ thống sản xuất và cung cấp giống rau quả trên phạm vi toàn quốc, xây dựng các vùng chuyên canh, thâm canh rau quả có năng suất và chất lượng cao.

- 2003-2005: Tổng công ty Rau quả, nông sản (Vegetexco Vietnam) được thành lập theo Quyết định số 66/2003/QĐ/BNN-TCCB do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ký và ban hàng ngày 11/6/2003 trên cơ sở sáp nhập hai Tổng công ty 90 là Tổng công ty Rau quả Việt Nam (Vegetexco Vietnam) và Tổng công ty xuất nhập khẩu nông sản và thực phẩm chế biến (Vinafimex).

- 2005-2010: Năm 2005 đánh dấu một bước phát triển quan trọng của Vegetexco Vietnam khi được Chính phủ chuyển sang tổ chức và hoạt động theo mô hình công ty Mẹ-công ty Con theo Quyết định số 2352/QĐ-BNN/ĐMDN của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ngày 09/9/2005. Với trên 500 nhân viên, 3 công ty phụ thuộc, 26 công ty liên kết, 05 công ty liên doanh, 02 chi nhánh văn phòng đại diện nước ngoài, Vegetexco Vietnam luôn giữ vai trò nòng cốt, đi đầu trong việc đẩy mạnh sản xuất, chế biến, xuất khẩu rau quả, nông sản và nhập khẩu vật tư, máy móc phục vụ sản xuất nông nghiệp.

- 2010-2016: Tổng công ty Rau quả, nông sản chuyển đổi mô hình doanh nghiệp sang Công ty TNHH một thành viên theo Quyết định số 1563/QĐ-BNN-ĐMDN của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ngày 10/6/2010. Sự chuyển đổi quan trọng này thúc đẩy Vegetexco Vietnam phát huy hơn nữa vai trò chủ đạo trong ngành hàng rau quả, nông sản thực phẩm chế biến, mở rộng đầu tư, góp vốn với mục tiêu xây dựng, phát triển Tổng công ty thành tập đoàn.

- 2016 đến nay: Tổng công ty Rau quả, nông sản hoàn tất quá trình cổ phần hóa và chính thức chuyển sang hoạt động theo mô hình Công ty cổ phần kể từ ngày 01/1/2016. Với các cổ đông chiến lược là Công ty cổ phần Tập đoàn T&T (T&T Group JSC.) và Tổng Công ty CP bảo hiểm Sài Gòn-Hà Nội (BSH) cùng một số cổ đông có uy tín khác trong nước, Vegetexco Vietnam có nhiều điều kiện thuận lợi để trở thành doanh nghiệp mạnh trong lĩnh vực sản xuất, cung cấp sản phẩm và dịch vụ rau hoa quả, nông sản an toàn, chất lượng cao, phát triển bền vững; thể hiện được vai trò của doanh nghiệp lớn trong định hướng phát triển hiệu quả hoạt động sản xuất kinh doanh rau quả, nông sản, phát triển dịch vụ giống cây trồng, hoa tươi, các lĩnh vực phụ trợ khác như kinh doanh kho bãi và dịch vụ.